次の白河の母も摂関家ではない閑院流出身で中納言藤原公成の娘、春宮大夫藤原能信の養女である女御藤原茂子であったため、白河は、関白を置いたが後三条と同様に親政を行った。白河は応徳3年（1086年）に当時8歳の善仁皇子（堀河天皇）へ譲位し太上天皇（上皇）となったが、幼帝を後見するため白川院と称して、引き続き政務に当たった。一般的にはこれが院政の始まりであるとされている。嘉承2年（1107年）に堀河が没するとその皇子（鳥羽天皇）が4歳で即位し、独自性が見られた堀河時代より白河は院政を強化することに成功した。白河以後、院政を布いた上皇は治天の君、すなわち事実上の国王として君臨し、天皇は「まるで東宮（皇太子）のようだ」と言われるようになった。
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ただし、白河は当初からそのような院政体制を意図していたわけではなく、結果的にそうなったともいえる。白河の本来の意志は、皇位継承の安定化（というより自系統による皇位独占）という意図があった。弟である実仁親王・輔仁親王が有力な皇位継承候補として存在している中、我が子である善仁親王に皇位を譲ることでこれら弟の皇位継承（およびそれを支持する貴族）を断念させる意図があった。佐々木宗雄の研究によれば、『中右記』などにおける朝廷内での政策決定過程において、白河がある時期まで突出して政策を判断したことは少なく、院政開始期には摂政であった藤原師実と相談して政策を遂行し、堀河の成人後は堀河と関白藤原師通が協議して政策を行って白河に相談を行わないことすら珍しくなかったという。これは当時の国政に関する情報が天皇の代理である摂関に集中する仕組となっており、国政の情報を独占していた摂関の政治力を上皇のそれが上回るような状況は発生しなかったと考えられている。だが、師通の急逝と若年で政治経験の乏しい藤原忠実の継承に伴って摂関の政治力の低下と国政情報の独占の崩壊がもたらされ、堀河は若い忠実ではなく父親の白河に相談相手を求めざるを得なかった。更にその堀河も急死して幼い鳥羽天皇が即位したために結果的に白河による権力集中が成立したとする。
直系相続による皇位継承は継承男子が必ずしも確保できる訳ではなく、常に皇統断絶の不安がつきまとう。逆に多くの皇子が並立していても皇位継承紛争が絶えないこととなる。院政の下では、「治天の君」が次代・次々代の天皇を指名できたので、比較的安定した皇位継承が実現でき、皇位継承に「治天の君」の意向を反映させることも可能であった。
また、外戚関係を媒介に摂政関白として政務にあたる摂関政治と異なって、院政は直接的な父権に基づくものであったため、専制的な統治を可能としていた。院政を布く上皇は、自己の政務機関として院庁を設置し、院宣・院庁下文などの命令文書を発給した。従来の学説では院庁において実際の政務が執られたとされていたが、鈴木茂男が当時の院庁発給文書に国政に関する内容が認められないことを主張し、橋本義彦がこれを受けて院庁政治論を痛烈に批判したため近年では、非公式の私文書としての側面のある院宣を用いて朝廷に圧力をかけ、院独自の側近を院の近臣として太政官内に送り込むことによって事実上の指揮を執ったとする見解が有力となっている。これら院の近臣は上皇との個別の主従関係により出世し権勢を強めた。また、上皇独自の軍事組織として北面の武士を置くなど、平氏を主とした武士勢力の登用を図ったため、平氏権力の成長を促した。そのため、白河による院政開始をもって中世の起点とする事もある。